2009-08-29

ボックスプロットの作成


数条件による測定データをボックスプロットにして表示するスクリプトを紹介します。データは CSV 形式で、一行目がヘッダーになっています。この例では一列目が条件、二列目がデータになっています。

# BOXPLOT SAMPLE
# =============================================================================
# chart.boxplot
# =============================================================================

chart.boxplot <- function(tbl, val_x, val_y,
gTitle = "", xLab = "", yLab = "") {
tmp <- data.frame(x = tbl[, val_x], y = tbl[, val_y])
y_max <- max(tmp$y, na.rm = TRUE)
y_min <- min(tmp$y, na.rm = TRUE)
yLimit <- c(y_min, y_max)

bp <- boxplot(y ~ x, data = tmp, ylim = yLimit,
main = gTitle, xlab = xLab, ylab =yLab,
col = "lightblue", cex.main = 1)
}
# =============================================================================
# open.png
# =============================================================================

open.png <- function(imgName, picWidth = 640, picHeight = 400) {
png(filename = imgName, width = picWidth, height = picHeight,
units = "px", pointsize = 14, bg = "white", res = NA)
}
# -----------------------------------------------------------------------------
# MAIN
# -----------------------------------------------------------------------------
# _____________________________________________________________________________
# READ CSV DATA

file.name <- "./sample_box.csv"
tbl.data <- read.csv(file.name, header = T, as.is = T)
# _____________________________________________________________________________
# generate BOXPLOT

head.x <- names(tbl.data)[1]
head.y <- names(tbl.data)[2]
title.box <- paste("SAMPLE (n = ", length(tbl.data[, head.x]), ")",
sep = "")
label.x <- "Condition"
label.y <- "Measurement"
chart.boxplot(tbl.data, head.x, head.y, title.box, label.x, label.y)
# _____________________________________________________________________________
# generate PNG FILE

open.png("sample_boxplot.png")

chart.boxplot(tbl.data, head.x, head.y, title.box, label.x, label.y)
dev.off()
# ---
# END PROGRAM


実行例



Fedora で実行した例を示します。

$ R

R version 2.9.2 (2009-08-24)
Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
...
(途中省略)
...
'q()'と入力すればRを終了します。

> source("boxplot.R")

X Window 上では以下の様に表示されます。

出力された PNG ファイルはこんな感じになります。

 

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